Σε πολλά σημεία του νησιού, σε λιμάνια και απάνεμους όρμους, μπορείτε να αράξετε το σκάφος σας, αν είστε λάτρεις της ιστιοπλοΐας και θέλετε να επισκεφθείτε τη Νάξο με αυτό.
Στο λιμάνι της Χώρας υπάρχει μαρίνα με επαρκή υποστήριξη των σκαφών.
Επίσης μπορείτε να ρίξετε άγκυρα στον Πάνορμο, στο λιμάνι του Καλαντού, στο λιμάνι της Αγίας Άννας, στον Άγιο Προκόπιο, στο λιμάνι του Απόλλωνα και στην Μικρή Βίγλα.