Ελάχιστα μέτρα πριν από την αμμώδη παραλία της Μικρής Βίγλας, βρίσκεται η ομώνυμη λιμνοθάλασσα.

Πρόκειται για έναν επαρχιακό υγρότοπο, με αλμυρό νερό. Γύρω του υπάρχουν αμμώδεις λόφοι και θάμνοι.

Η λιμνοθάλασσα της Μικρής Βίγλας, κατά την διάρκεια της μεταναστευτικής περιόδου, φιλοξενεί διάφορα είδη αποδημητικών πουλιών.

Στην ευρύτερη περιοχή της λιμνοθάλασσας φωλιάζουν και πουλιά όπως ο «Ποταμοσφυριχτής» και ο «Θαλασσοσφυριχτής».

Το  νερό στη λιμνοθάλασσα της Μικρής Βίγλας, έχει υψηλότερη στάθμη την περίοδο του χειμώνα, λόγω των όμβριων υδάτων.